食品加工废水的种类繁多，因此废水的成分也有不同，废水的处理工艺也有不同。按照处理原理划分，食品废水处理方法可以划分为物理处理法、化学处理法、物理化学法、生物处理法4种。
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1.物理处理法
主要通过物理作用，以分离、回收废水中不溶解的呈悬浮状态污染物质（包括油膜和油珠）的废水处理法。
利用物理作用分离污水中呈悬浮状态的固体污染物质，去除较大颗粒物和呈悬浮状污染物。根据物理作用的不同，又可分为重力分离法、离心分离法和筛滤法等。
属于重力分离法的处理单元有：沉淀、上浮（气浮、浮选）等，相应使用的处理设备是沉砂池、沉淀池、除油池、气浮池及其附属装置等。
离心分离法常用的处理装置有离心分离机和水旋分离器等。筛滤截流法包括格栅、筛网、滤池等。
2.化学处理法
利用化学反应，分离、转化、破坏或回收废水中的污染物（包括悬浮的、溶解的、胶体的），并使其转化为无害物质的处理方法。
在化学处理法中，以投加药剂产生化学反应为基础的处理单元是混凝、中和、氧化还原等；而以传质作用为基础的处理单元则有电解、电凝聚等。
3.物理化学法
利用物理化学的作用去除污水中的污染物质的方法。
物理化学法主要有吸附法、离子交换法、萃取法、气提法、电渗析和吹脱法等。
4.生物处理法
利用微生物的代谢作用，使污水中的溶解性、胶体的、细微悬浮状态的有机污染物转化为稳定的无害物质，最终泥水分离的废水处理方法。
方法包括好氧生物处理和厌氧生物处理两种，其中前者又可划分为活性污泥法和生物膜法，广泛用于处理中低浓度食品废水；后者多用于高浓度食品废水的处理、污泥分解以及高浓度食品废水的水解酸化。